درختان پسته نسبت به سرمای دیررس بهاره بسیار حساس می‌باشند. خطر سرمازدگی در ارقام زود رس مانند کله قوچی زیادتر است و دلیل آن هم به علت رشد سریع و رویش زودتر درختان کله قوچی است. میزان خسارت سرمازدگی در سال‌های مختلف متفاوت است و گاها به ۱۰۰ درصد محصول نیز رسیده است اما به صورت متوسط خسارت سرمازدگی ۳۰-۲۵ درصد برآورد می‌شود.
زهرابه افلاتوکسین وجود دارد که باعث کپک‌زدگی یا قارچ بر روی پسته می‌شود. قارچ افلاتوکسین از متابولیت قارچ‌های گروه Aspergillus flavus حاصل می‌شود. قارچ‌های A.flavus
بیماری ورتیسیلیومی پسته توسط قارچ ورتیسیلیوم (Verticillium Wilt) ایجاد می‌شود. ورتیسیلیوم قارچی همه جا زی و در انواع خاک‌ها مشاهده می‌شود. قارچ ورتیسیلیوم دارای دامنه
این ارگانیسم فاقد اسپور، بدون دیواره سلولی و غیر متحرک است به شکل کروی تا رشته‌ای است که شکل رشته‌ای آن در اوایل فصل در
این بیماری فقط به مغز دانه‌ی پسته خسارت میزند و باعث فساد مغز پسته می‌شود. عامل ماسوی پسته قارچ Nematospora coryli است. پرگنه‌ی قارچ در
عامل بیماری قارچ است. قارچ کنیدیوم‌هایی به رنگ بژ روشن، لیمویی شکل و صاف تولید می‌کند. سختینه‌هایی که روی شاخه‌های آلوده سال قبل تشکیل می‌شوند
این بیماری قارچ ریشه بلوط نیز نامیده می‌شود که توسط یک قارچ خاکزاد عسلی به نام Armillaria mellea ایجاد می‌شود و عامل بیماری بسیاری از
شدت تابش نور خورشید و افزایش دما بیشتر از حد تحمل گیاه در زمان رشد سریع مغز سبب ایجاد عارضه آفتاب سوختگی روی میوه می‌گردد.
اختلاف بیش از حد و غیر طبیعی درجه حرارت در طول شب و روز از رشد گیاه را نوسانات دمایی گویند که باعث ایجاد عوارض